Le 27 février 1844, la République dominicaine proclama son indépendance à la Puerta del Conde, à Santo Domingo. Ce jour-là, elle mit fin à vingt-deux années d’unification avec Haïti. Cette séparation s’expliquait par de fortes différences de culture, de langue et de religion. Les autorités haïtiennes avaient aussi confisqué les biens de l’Église catholique, ce qui provoqua des tensions. Sur le plan économique, les Dominicains supportaient des taxes élevées destinées à rembourser la dette de l’indépendance envers la France, et l’application stricte du Code rural créa du mécontentement.
Après le violent séisme de 1842 et la chute de Jean-Pierre Boyer, le pouvoir central s’affaiblit, ce qui facilita l’action du groupe secret La Trinitaria. Un nouveau drapeau fut adopté, avec une croix blanche ajoutée aux deux couleurs haïtiennes.
Entre 1844 et 1856, plusieurs tentatives de reconquête menées par Haïti échouèrent. Haïti reconnut officiellement le nouvel État en 1867, puis un traité de paix fut signé en 1874. La frontière définitive entre les deux pays fut fixée par le traité du 21 janvier 1929.
